にゃん。
nm-appletが動かなくなっていたのですが、原因がわかりました。もっとも、これがそのまま適用できる場合は少ないかと思いますが、原因究明の手法は同様でいいかもしれないです。NetworkManagerのversionは1.2.6です。
journalctl -u NetworkManager
したところ、keyfileがないというエラーが出ていました。実は、大学のWiFiはWPA-EAPなのですが、一度証明書を設定したあとで、参照先パスを変えて元のファイルを削除していたのです。WiFiへの接続はできていたのですが、ファイルが参照できないというエラーでappletのみが起動できなくなっていた模様です。
元のファイルを参照しようとする挙動はバグと思われ、そしてファイルが見つからないだけで全て動かなくなってしまう仕様もよくなさげです。いつかコントリビュートしたいです。